El partido ERC, junto a Bildu y BNG, ha registrado una comisión de investigación en el Congreso sobre el espionaje con el programa Pegasus. Esta iniciativa se lleva a cabo como parte del acuerdo entre el PSOE y los independentistas para conseguir la mayoría en la Mesa del Congreso. La creación de esta comisión busca depurar responsabilidades sobre el espionaje e intromisión a la privacidad y la intimidad de líderes políticos, activistas, abogados, periodistas e instituciones y sus familiares y allegados. La propuesta busca investigar las actuaciones de las instituciones del Estado contra la disidencia y tomar medidas de resarcimiento para los afectados.

Por otro lado, el partido Junts también ha registrado comisiones de investigación en el Congreso relacionadas con los atentados yihadistas de Barcelona y Cambrils de 2017 y la denominada 'operación Cataluña', que busca desacreditar al independentismo. Estas comisiones, junto a la de ERC, forman parte del acuerdo con el PSOE y tienen como objetivo ampliar la amnistía a los independentistas encausados en los últimos años. Junts busca demostrar el supuesto 'lawfare' o 'guerra judicial' y así revisar otras causas que afectan a correligionarios. Esta mención al 'lawfare' en el acuerdo ha generado polémica entre asociaciones judiciales y el Consejo General del Poder Judicial, quienes interpretaron que el Congreso fiscalizaría la actuación de los tribunales.